O Centro Estadual para Gerenciamento de uma Situação de Emergência Nuclear - CESTGEN, possui a missão de implementar o Plano de emergência externo (PEE/RJ); prestar assessoria para decisão do Governo Estadual, na ocorrência de uma situação de emergência; coordenar o apoio dos órgãos públicos e privados sediados em sua área de influência para complementar as ações empreendidas e os meios utilizados na resposta a uma situação de emergência nuclear; e manter o CNAGEN informado da evolução da situação, de acordo com o Decreto Estadual nº 44.384, de 11 de setembro de 2013, que aprova o PEE/RJ e com o Decreto Estadual nº 43.599, de 17 de maio de 2012, que reorganiza o Sistema estadual de defesa Civil (SIEDEC).

O CESTGEN participa como membro no Comitê de Planejamento de Resposta a Situações de Emergência Nuclear no Município de Angra dos Reis (COPREN/AR), no Comitê de Planejamento de Resposta a Situações de Emergência Nuclear no Município de Resende (COPREN/RES) e na Comissão de Coordenação da Proteção ao Programa Nuclear Brasileiro (COPRON), onde são discutidos diversos assuntos relativos à elaboração e/ou revisão de planos integrados de emergência a nível estadual para atendimento às ocorrências envolvendo substâncias radioativas e nucleares, bem como planejar os exercícios simulados, dentre outros assuntos.

O CESTGEN também é responsável pela ativação e coordenação dos representantes dos órgãos que compõem o colegiado do Centro, em caso de exercícios e emergências reais nas instalações da Central Nuclear Almirante Álvaro Alberto (CNAAA), em Angra dos Reis, bem como para a Fábrica de Combustível Nuclear, das Indústrias Nucleares do Brasil (FCN/INB).